El atraso se descuenta en proporción exacta al tiempo no trabajado. No existe en Chile un sistema de multa por atraso ni un descuento fijo mínimo por llegar tarde: el descuento solo puede corresponder al tiempo que el trabajador no estuvo en su puesto. Cualquier descuento mayor al tiempo real no trabajado sería una deducción sin causa legal.
El empleador puede establecer en el reglamento interno la tolerancia de atraso (por ejemplo, 5 minutos) sin que esto implique pago de esos minutos. Pero si el reglamento establece que 10 minutos de atraso equivalen a medio día de descuento, esa cláusula sería ilegal por exceder el tiempo real no trabajado.
Los atrasos acumulados que superen cierto umbral (por ejemplo, dos o más atrasos injustificados en un mes) pueden ser considerados incumplimiento grave de las obligaciones del contrato y eventualmente causal de despido (Art. 160 N°4 CT). La Dirección del Trabajo ha establecido que la reiteración es el factor determinante, no el atraso aislado.
MUERMO registra los minutos de atraso del mes y calcula el descuento proporcional exacto sobre el sueldo del trabajador, sin necesidad de cálculos manuales por parte del encargado de remuneraciones.